رسم درخت فیلوژنی

رسم درخت فیلوژنی

آنالیز توالی ها، درخت فیلوژنی یا اصطلاحا فیلوژنتیک نموداری می باشد که نشان دهنده خط های تکاملی نژادی در خصوص انواع سویه ها یا ارگانیسم ها است. در حقیقت درخت فیلوژنی وجود انشعاب و شاخه ها طی گذر زمان را نشان می دهد. از ترسیم درخت فیلوژنی برای دسته بندی و درک تنوع های زیستی بسیار مفید است. برای درک بهتر، مناسب است که در خصوص مقایسه توالی های DNA صحبت کنیم. در نظر بگیرید می خواهیم چند توالی DNA را با همدیگر مقایسه کنیم و خویشاوندی بین آنها مطالعه کنیم. در این حالت توالی های DNA را باید به صورت دو به دو با هم مقایسه کنیم. منظور از مقایسه، بررسی نوکلئوتیدهای DNA و بررسی تفاوت ها است. به طور مثال ممکن است توالی های دو DNA در شش نوکلئوتید با هم متفاوت باشند. سپس توالی هایی که میزان تفاوت کمتری دارند را مشخص می کنیم و آنها را در یک گروه قرار می دهیم و آنها را به صورت ستونی مرتب می کنم. سپس در مرحله بعد گروه ها را با هم مقایسه می کنیم و میزان تفاوت ها را با هم می سنجیم. این امر به این صورت است که توالی هر عضو گروه را با توالی های گروه دیگر مقایسه کرده و سپس میانگین می گیریم. سپس تفاوت بین گروه ها را در یک جدول مشخص می کنیم. گروه های جدید پس از مقایسه گروه ها و گروه ها با توالی های جدید ایجاد می شوند و به صورت عمودی با هم مرتبط می شوند. 

در شکل بالا بخشی از درخت فیلوژنی مشاهده می شود. Nodes یا گره ها نقطه ای است که دودمان ها یا توالی ها واگرا می شوند. هر گدام از این گره های نشان دهنده یک جد مشترک برای توالی های واگرا شده است. برای ترسیم درخت ها معمولا پس از گرفتن توالی ژن ها از نرم افزار هایی مانند نرم افزار مگا Mega استفاده می شود.

در مهامکس خدمات آنالیز توالی و بررسی های فیلوژنیک با کیفیت بالا انجام می پذیرد. تعیین ORFها، مطالعه سایت های برش آنزیمی، پیدا کردن توالی های CPG، پیدا کردن مارکرهای تکراری در ژنوم، مطالعه مارکرهای گوناگون مولکولی، بررسی های multiple alignment در لول نوکلئیک اسیدها و پروتئین ها، بررسی فیلوژنتیک، بررسی epitope mapping، یافتن اهداف ژنی miRNA ها و … از جمله این خدمات می باشند.