چک و بررسی کیفیت پرایمر

چک و بررسی کیفیت پرایمر

پس از اینکه طراحی پرایمر صورت پذیرفت و یا از طریق منابع موثقی تهیه گردید باید کیفیت آن مورد بررسی قرار گیرد تا اگر مشکلی دارد از پرایمرهای دیگری استفاده گردد. چک کردن پرایمرها از طریق مراحل زیر انجام می پذیرد:

۱- آیا با هدف و تکنیک مورد نظر همخوانی دارد؟به طور مثال برای مطالعه بیان ژن ها، پرایمرها بایستی بر روی mRNA ها و نه DNA طراحی شوند. یا به طور مثال برای برخی اهداف نباید طول پرایمر از حدی بیشتر باشد. در نتیجه اختصاصی بودن پرایمر باید با توجه به هدف بررسی شود.

۲-  آیا اصول ساختاری پرایمر به درستی طراحی شده است؟ چنانچه باید بررسی شود که طول مورد نظر برای پرایمر به درستی طراحی شده است یا نه. خصوصیاتی مانند دمای Tm و درصدبازهای GC به درستی در ساختار طراحی شده است یا خیر. برای این کار از نرم افزار های گوناگون استفاده می شود.

۳- آیا در پرایمز طراحی شده جهش وجود دارد؟ در بعضی ژنوم ها ممکن است درصد بالایی جهش وجود داشته باشد. اگر انتهای ۳ از یک پرایمر بر روی بخش جهش یافته قرار بگیرد، پرایمر طراحی شده مشکل دارد. در نمونه هایی که جهش صورت گرفته است به خوبی متصل نمی شود.

در مهامکس چک کردن پرایمر ها شامل چک اختصاصیت با بلاست وچک ساختارهای ثانویه با Gene Runner می باشد.